Het onderwaterleven in de koraalriffen is erg mooi. Voorheen waren de eilanden bebost, maar de mens heeft daar snel een eind aan gemaakt. Nu zijn er nog maar op beperkte plaatsen bossen te vinden. Zanzibar heeft geen grote wilde dieren zoals op het vaste land van Afrika het geval is. De schaars beboste gebieden worden bewoond door apen en kleine antilopen. Daarnaast leven er ongeveer 100 soorten vogels. De belangrijkste gewassen op Zanzibar zijn kokosnoten en kruidnagels. Verder groeien er bananen, verschillende citrusvruchten, maïs, een paar andere groenten en granen.
Op Zanzibar valt de meeste regen van half maart tot eind mei. De maand november kent ook een korte regentijd. De temperatuur varieert niet zoveel: gemiddeld is het in de periode van juni tot oktober zo’n 26 ºC op Zanzibar eiland en van december tot februari is het gemiddelde 28 ºC. Op Pemba is het meestal wat koeler en daar valt ook iets meer regen.